普通PCR又稱終點PCR，是最傳統(tǒng)與基礎(chǔ)的PCR方法，這種方法通過在產(chǎn)物正常擴(kuò)增結(jié)束后，進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳、聚丙烯酰胺電泳等方式對產(chǎn)物染色、拍照，通過得到的條帶亮度對PCR產(chǎn)物的量、片段長度進(jìn)行分析。但是我們要注意很重要的一點，普通PCR不能反映反應(yīng)體系的起始狀態(tài)，即樣品差異、擴(kuò)增效率差異等多種情況都可能會導(dǎo)致最終的擴(kuò)增效果，所以這種方法比較適用于疾病診斷與某些定性研究分析。
熒光定量PCR即qPCR、Real-time PCR，都是實時定量PCR。其原理就是在PCR反應(yīng)體系中加入特定的探針，其中含有熒光基團(tuán)，熒光定量PCR儀在每一個擴(kuò)增循環(huán)都會收集積累的熒光信號，從而達(dá)到對反應(yīng)體系的全程監(jiān)控與定量分析，所以qPCR既可以反映反應(yīng)體系的起始狀態(tài)，也可以反映最終擴(kuò)增效果，相比于普通PCR更精確，更簡單。
普通PCR與熒光定量PCR二者的實驗結(jié)果相同，都能說明生物體外的特殊DNA復(fù)制的整個過程的擴(kuò)增效率和溶解溫度情況。但是二者的不同主要集中 在以下幾個方面：
1、二者原理不同
熒光定量PCR實時監(jiān)測與DNA結(jié)合的熒光染料激發(fā)的熒光，普通OCR通過檢測插入DNA中核算染料的量來測定PCR最終產(chǎn)物量。
2、二者系統(tǒng)組成不同
熒光定量PCR儀比普通的PCR儀多了熒光信號采集系統(tǒng)和計算機(jī)分析處理系統(tǒng)。
3、二者反應(yīng)要求不同
熒光定量PCR對擴(kuò)增片段有較高的要求，一般為100-300bp，普通PCR可以擴(kuò)增長點的片段。
4、二者應(yīng)用不同
熒光定量PCR主要是用來定量分析和確定基因轉(zhuǎn)錄水平的，普通的PCR儀是做定性分析和擴(kuò)增基因片段，定量PCR儀可以做普通PCR儀的工作，反之不行。
5、二者測量成本不同
定量PCR儀價格較為昂貴，普通的基因擴(kuò)增儀(PCR儀)只能夠定性地分析是否存在目標(biāo)片段。但是價格要低很多，而且運行成本也要低很多。
實時熒光定量PCR技術(shù)有效地解決了傳統(tǒng)定量只能終點檢測的局限，實現(xiàn)了每一輪循環(huán)均檢測一次熒光信號的強(qiáng)度，并記錄在電腦軟件之中，通過對每個樣品Ct值的計算，根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線獲得定量結(jié)果。
